本研究所は、1954年6月、ハーバード燕京研究所の資金援助により「世界文化の交流関連に重点をおき、かつ人文科学を中心として東洋文化を研究する」との趣旨で設立されました。しかしその後、本学の教育分野およびキリスト教主義に基づく教育という建学の精神に沿い、「人文・社会・自然の諸領域における比較文化的研究および日本キリスト教史・キリスト教文化に関する研究と資料の収集を行い、併せて国内外の学術交流に貢献すること」へと、その目的は拡大され、より開かれた立場をとることになりました。