安藤 耕司

東京女子大学 現代教養学部 情報数理科学科 情報数理科学専攻

English

最近の論文
  1. 荒木貴絵, 安藤耕司, 味覚受容体タンパク質―アミノ酸リガンド複合体における構造変化とゆらぎの分子動力学シミュレーション解析, J. Comp. Chem. Jpn. 24, 74-76 (2025).
  2. K. Araki and K. Ando, Molecular dynamics simulation analysis of water cluster in the ligand binding pocket of medaka fish taste receptor protein. Chem. Lett. 54, upaf114 (2025). / ChemRxiv
  3. 木村愛花, 安藤耕司, PdおよびAgRh合金ナノクラスターへの水素吸収と拡散に関する相対論的量子化学計算と分子動力学シミュレーション, J. Comp. Chem. Jpn. 24, 27-29 (2025).
  4. C. Okamoto and K. Ando, Molecular dynamics simulation analysis of structural dynamic cross correlation induced by odorant hydrogen-bonding in mouse eugenol olfactory receptor. Biophys. Physicobiol. 21, e210007 (2024). / arXiv / bioRxiv
  5. K. Ando, Potential energy surfaces for electron dynamics from a model of localized Gaussian wave packets with valence-bond spin-coupling: high-harmonic generation spectra from H and He atoms. Chem. Phys. 570, 111883 (2023). / arXiv
  6. 荒木貴絵, 安藤耕司, 味覚受容体タンパクとリガンドの相互作用に関する分子動力学シミュレーション, J. Comp. Chem. Jpn. 21, 94-95 (2022).
  7. H. Kitoh-Nishioka, R. Sato, Y. Shigeta, K. Ando, Linear Combination of Molecular Orbitals of Fragments (FMO-LCMO) Method: Its Application to Charge Transfer Studies. Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method, 391-405 (2021).
  8. T. Joutsuka and K. Ando, Efficient Free-Energy Calculation of Proton Transfer by Constrained Density Functional Theory and Geometrically Restrained Molecular Dynamics Simulation, Chem. Lett. 50, 1325-1328 (2021).
  9. 岡本千怜, 安藤耕司, 分子動力学シミュレーションによる嗅覚受容体タンパク質mOR-EGと香り分子オイゲノールの結合解析, J. Comp. Chem. Jpn. 19, 161-163 (2020).
  10. T. Joutsuka and K. Ando, Constrained Density Functional Theory Molecular Dynamics Simulation of Deprotonation in Aqueous Silicic Acid, J. Phys. Chem. B 124, 8323-8330 (2020).
  11. H. Kitoh-Nishioka, Y. Shigeta, and K. Ando, Tunneling matrix element and tunneling pathways of protein electron transfer calculated with a fragmet molecular orbital method, J. Chem. Phys. 153, 104104 (2020).
  12. K. Ando, Single-electron quantum dynamics in high-harmonic generation spectrum from LiH molecule: analysis of potential energy surfaces for electrons constructed from a model of localized Gaussian wave packets with valence-bond spin-coupling, J. Chem. Phys. 152, 084306 (2020). / arXiv
  13. H. Kitoh-Nishioka and K. Ando, Calculation of Charge-Transfer Electronic Coupling with Nonempirically Tuned Range-Separated Density Functional, J. Phys. Chem. C 123, 11351-11361 (2019).
  14. A. Sakurai, K. Ando, and S. Ashihara, Ultrafast proton/deuteron dynamics in KTaO3 observed with infrared pump-probe spectroscopy: Toward understanding of proton conduction mechanism in solid oxides, J. Chem. Phys. 149, 104502 (2018).
  15. R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, and T. Yamato, Electron Transfer Pathways of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Revisited, J. Phys. Chem. B 122, 6912-6921 (2018).
  16. K. Ando, Potential energy surfaces for electron dynamics modeled by floating and breathing Gaussian wave packets with valence-bond spin-coupling: An analysis of high-harmonic generation spectrum, J. Chem. Phys. 148, 094305 (2018). / arXiv
  17. 安藤耕司, 原子価結合局在電子波束による分子内電子励起ダイナミクス, J. Comp. Chem. Jpn. 16, 133 (2018).

その他 (ORCiD)

著書

和文解説等

  1. 安藤耕司, Pythonによる化学シミュレーション, 現代化学 2022年4月号-2024年3月号.
  2. 安藤耕司, 水素結合とは何か, 現代化学 2021年7月号 No.604, pp.42-47 (2021).
  3. 安藤耕司, トンネル効果とは何か, 現代化学 2020年1月号 No.586, pp.17-22 (2020).
  4. 鬼頭-西岡宏任, 安藤耕司, 光合成反応中心における長距離電子移動の経路解析, 高次π空間の創発と機能開発 pp.203-207 (2013). (プレプリント, PDF 374 KB)
  5. 安藤耕司, 電荷平衡法の電子移動反応系への応用, 機能材料 Vol. 25, No. 11, pp.35-42 (2005). (プレプリント, PDF 364 KB)
  6. 安藤耕司, 溶液内や光合成反応中心の電子移動における量子トンネル効果とコヒーレンス, 物性研究 Vol. 72, pp.240-254 (1999). KURENAI
  7. 安藤耕司, 水溶液中の酸電離とプロトン輸送の分子的機構, 電気化学および工業物理化学 Vol. 65, No. 5, pp.342-347 (1997). (プレプリント, PDF 335 KB)

研究室メンバー
4年次講究 2:22から登場

担当講義

2025年度前期

2025年度後期

過去の講義資料

 2020年度から講義資料等の配布にはGoogleClassroomまたはSlackを使用するようになりました。

その他

E-mail: ando_k ＠ lab.twcu.ac.jp