安藤 耕司
東京女子大学 現代教養学部 数理科学科 情報理学専攻
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理系科目の学習について
担当講義
2023年度前期
- 自然科学のあゆみ (月曜5限)
- くらしの中の物質 (火曜5限)
- 化学概論 (木曜4限)
- 物理化学 (火曜4限)
- 現代化学B (月曜4限)
- 情報理学講究 (木曜3限)
- (大学院博士前期課程) 応用数理学特論BI
- (大学院博士前期課程) 数理学講究I
- (大学院博士後期課程) 数理物理学特殊研究I
- (大学院博士後期課程) 論文指導演習
2023年度後期
- 数理化学 (月曜4限)
- シミュレーションC (火曜4限)
- 3年次演習 (木曜2限)
- 情報理学講究 (木曜3限)
- (大学院博士前期課程) 応用数理学特論BII
- (大学院博士前期課程) 数理学講究II
- (大学院博士後期課程) 数理物理学特殊研究II
- (大学院博士後期課程) 論文指導演習
- (早稲田大学大学院) 反応量子論特論 (月曜6限)
著書
過去の講義資料
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最近の論文
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C. Okamoto and K. Ando,
Molecular Dynamics Simulation Analysis of Structural Dynamic Cross Correlation Induced by Odorant Hydrogen-Bonding in Mouse Eugenol Olfactory Receptor.
arXiv
/ bioRxiv
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K. Ando,
Potential energy surfaces for electron dynamics from a model of localized Gaussian wave packets with valence-bond spin-coupling: high-harmonic generation spectra from H and He atoms.
Chem. Phys. 570, 111883 (2023).
/ arXiv
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荒木貴絵, 安藤耕司,
味覚受容体タンパクとリガンドの相互作用に関する分子動力学シミュレーション,
J. Comp. Chem. Jpn.21, 94-95 (2022).
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H. Kitoh-Nishioka, R. Sato, Y. Shigeta, K. Ando,
Linear Combination of Molecular Orbitals of Fragments (FMO-LCMO) Method: Its Application to Charge Transfer Studies.
Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method, 391-405 (2021).
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T. Joutsuka and K. Ando,
Efficient Free-Energy Calculation of Proton Transfer by Constrained Density Functional Theory and Geometrically Restrained Molecular Dynamics Simulation,
Chem. Lett. 50, 1325-1328 (2021).
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岡本千怜, 安藤耕司,
分子動力学シミュレーションによる嗅覚受容体タンパク質mOR-EGと香り分子オイゲノールの結合解析,
J. Comp. Chem. Jpn.19, 161-163 (2020).
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T. Joutsuka and K. Ando,
Constrained Density Functional Theory Molecular Dynamics Simulation of Deprotonation in Aqueous Silicic Acid,
J. Phys. Chem. B 124, 8323-8330 (2020).
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H. Kitoh-Nishioka, Y. Shigeta, and K. Ando,
Tunneling matrix element and tunneling pathways of protein electron transfer calculated with a fragmet molecular orbital method,
J. Chem. Phys. 153, 104104 (2020).
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K. Ando,
Single-electron quantum dynamics in high-harmonic generation
spectrum from LiH molecule:
analysis of potential energy surfaces for electrons
constructed from a model of localized Gaussian wave packets with
valence-bond spin-coupling,
J. Chem. Phys. 152, 084306 (2020).
/ arXiv
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H. Kitoh-Nishioka and K. Ando,
Calculation of Charge-Transfer Electronic Coupling with Nonempirically Tuned Range-Separated Density Functional,
J. Phys. Chem. C 123, 11351-11361 (2019).
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A. Sakurai, K. Ando, and S. Ashihara,
Ultrafast proton/deuteron dynamics in KTaO3 observed with infrared pump-probe spectroscopy: Toward understanding of proton conduction mechanism in solid oxides,
J. Chem. Phys. 149, 104502 (2018).
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R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, and T. Yamato,
Electron Transfer Pathways of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Revisited,
J. Phys. Chem. B 122, 6912-6921 (2018).
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K. Ando,
Potential energy surfaces for electron dynamics modeled by floating and breathing Gaussian wave packets with valence-bond spin-coupling: An analysis of high-harmonic generation spectrum,
J. Chem. Phys. 148, 094305 (2018).
/ arXiv
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安藤耕司,
原子価結合局在電子波束による分子内電子励起ダイナミクス,
J. Comp. Chem. Jpn.16, 133 (2018).
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K. Ando,
Localized electron wave packet description of chemical bond and excitation: Floating and breathing Gaussian with valence-bond coupling,
Computational and Theoretical Chemistry 1116, 159 (2017).
/ KURENAI
/ arXiv
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H. Kitoh-Nishioka and K. Ando,
FMO3-LCMO study of electron transfer coupling matrix element and pathway: Application to hole transfer between two triptophanes through cis- and trans-polyproline-linker systems,
J. Chem. Phys. 145, 114103 (2016).
/ KURENAI
/ arXiv
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K. Ando,
A corpuscular picture of electrons in chemical bond,
J. Chem. Phys. 144, 124109 (2016).
/ KURENAI
/ arXiv
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K. Hyeon-Deuk and K. Ando,
Distinct structural and dynamical difference between supercooled and normal liquids of hydrogen molecules,
Phys. Chem. Chem. Phys. 18, 2314 (2016).
/ KURENAI
和文解説等
- 安藤耕司, Pythonによる化学シミュレーション, 現代化学 2022年4月号から
連載中.
- 安藤耕司, 水素結合とは何か,
現代化学 2021年7月号 No.604, pp.42-47 (2021).
- 安藤耕司, トンネル効果とは何か,
現代化学 2020年1月号 No.586, pp.17-22 (2020).
- 鬼頭-西岡宏任, 安藤耕司, 光合成反応中心における長距離電子移動の経路解析, 高次π空間の創発と機能開発 pp.203-207 (2013).
(プレプリント, PDF 374 KB)
- 安藤耕司, 電荷平衡法の電子移動反応系への応用,
機能材料 Vol. 25, No. 11, pp.35-42 (2005).
(プレプリント, PDF 364 KB)
- 安藤耕司, 溶液内や光合成反応中心の電子移動における量子トンネル効果とコヒーレンス, 物性研究 Vol. 72, pp.240-254 (1999).
KURENAI
- 安藤耕司, 水溶液中の酸電離とプロトン輸送の分子的機構,
電気化学および工業物理化学 Vol. 65, No. 5, pp.342-347 (1997).
(プレプリント, PDF 335 KB)
その他
- Python for scientists (by Konrad Hinsen) の和訳
(注: Numeric Python, Scientific Pythonというモジュールが使われています。前者は
numpy
でほぼ代替されるようですが, 後者は
scipy
とはだいぶ異なっており,
著者のサイト
からダウンロード可能です。)
- Michael Faraday, The Chemical History of a Candle,
Project GutenbergのPlain Text
を元に編集したもの (PDF 612 KB)
- Max Planck, On the Law of Distribution of Energy in the Normal Spectrum, Ann. Phys. 4, 553 (1901)
の英訳をLaTeXで編集したもの (PDF 101 KB)
E-mail: ando_k @ lab.twcu.ac.jp